Susunan organisasi Bagian Tata Pemerintahan Setda Kota Yogyakarta, terdiri atas:

1. Kepala Bagian

2. Kelompok Substansi Administrasi Pemerintahan

    Mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan, pengoordinasian, pembinaan, fasilitasi, pemantauan dan pengevaluasian penyelenggaraan pemerintahan umum.

3. Kelompok Substansi Administrasi Kewilayahan

    Mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan, pengoordinasian, pembinaan, fasilitasi, pemantauan, dan evaluasi penyelenggaraan administrasi kewilayahan.

4. Kelompok Substansi Otonomi Daerah

    Mempunyai tugas menyiapkan bahan perumusan kebijakan, pengoordinasian, pembinaan, fasilitasi, pemantauan, dan evaluasi penyelenggaraan otonomi daerah.